齐齐哈尔市疾病预防控制中心是政府卫生防病工作职能的专业机构。负责全市疾病预防控制、突发公共卫生事件预警与处置，疫情监测报告、卫生检验、检测与评价、职业危害与健康监测、健康教育与促进、应用研究、指导与培训、技术管理与服务等多项工作。
齐齐哈尔市疾病预防控制中心，成立于2003年11月，是由原市卫生防疫站、市职业病防治所、市健康教育所、市慢性病防治办公室四家单位合并组建而成。是我省西部地区规模最大、设施先进、技术力量雄厚具有国家和省级资质认证的专业疾病控制及检验检测中心。在职职工155人，高级职称68人，中心内设25个科室，业务科室21个，职能科室4个。
齐齐哈尔市疾病预防控制中心综合业务办公楼是国债建设项目。2004年列为市政府重点建设项目之一，于2004年末全部竣工，2005年5月投入使用。该项目主楼建筑面积为12946.35平方米，附楼建筑面积为2385.52平方米，建设用地面积为16000平方米。
在国债项目建设中，实验室、冷链系统、网络信息系统“三项”体系是建设中的重点，实验室建筑面积为3480平方米，含理化检验、微生物检验及艾滋病确证中心实验室。部分实验室达到P2级实验室要求水准。
在冷链系统建设上，按照500万人口以上较大城市的要求， 建设了15立方米低温冷库一座、15立方米常温冷库两座，为我市九县（市）、七区的生物制品供应提供基础保障。
在中心大楼内设有多媒体服务中心和应对突发性公共卫生事件的网络信息中心。一旦发生重大公共卫生突发事件，可作为全市的突发事件指挥中心。
根据国家卫生部、国家发改委“关于省、市、地、县级疾病预防控制中心实验室建设指导意见”精神，齐齐哈尔市疾病预防控制中心实验室在选址上符合当地总体规划。中心实验室总建筑面积为3480平方米，占疾控中心建筑面积的40.9%，符合国家设计标准和实际工作的需要。
在功能上设有：分子生物学实验室、血清学实验、肠道菌实验室、食源性病原菌分离鉴定实验室、HIV初筛中心实验室、地方病实验室、寄生虫病实验室、消毒实验室、杀虫实验室、食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室、霉菌分离及鉴定实验室、放射防护检测实验室、职业卫生检测室、常见化学毒物检测实验室、普通理化实验室。部分实验室达到了P2实验室标准。能开展细菌、病毒、霉菌培养分离鉴定、生物恐怖、中毒事件微生物培养初步分离鉴定、食品、水、空气、涉水产品、化妆品的卫生质量检测、寄生虫病病原学检测、寄生虫病中间宿主的种群鉴定和密度测定、寄生虫病中间宿主和虫媒的抗药性测定、作业场所、公共场所、生活居住环境有毒害因素的相关实验、饮用水和水源水质分析、食品中毒、职业中毒、农药中毒事件及化学污染事件因素检测初步分析。
自2005年至今中心相继取得了实验室质量、职业健康体检、职业卫生技术服务、职业病诊断、鉴定以及放射卫生防护等五项资质认证，这些资质的取得，使中心成为黑龙江西部地区最大的疾病防控专业技术机构、公共卫生检验检测鉴定中心和职业卫生技术服务中心。